Il gioco inizia con un subacqueo misterioso nel mezzo dell'oceano. Dopo la ricerca e nuotare intorno per un po ', il subacqueo riesce a recuperare e ripristinare due droni che aiutano il suo navigare attraverso l'oceano.

In tutto ABZU un grande squalo bianco nuota terrorizzando i droni del Diver e distruggendo le avventure in mare profondo del subacqueo. Lungo la strada il Subacqueo attiva i portali che liberano i pesci, rimandandoli nel vasto oceano e scoprendo anche una congrega segreta che ripristina ulteriormente la vita marina ogni volta che viene attivata.

Ogni interazione con il congrega porta anche il subacqueo sempre più vicino ad un oscuro segreto sepolto sul fondo del mare.

Dopo che il grande squalo bianco distrugge le guide dei droni del Diver, il subacqueo viene lasciato usare le comunicazioni del segnale grezzo con il pesce per nuotare al loro fianco o viaggiare nei loro branchi.

Durante il viaggio attraverso alcune delle aree più scure del mare, il subacqueo si imbatte in una zona piena di triangolari, miniere elettrici. Avvicinarsi troppo manda una scossa attraverso chi li tocca. Inoltre nel gioco del Tuffatore viene poi attraverso il grande squalo bianco, sepolta sotto una delle macchine che ha un design simile alle miniere triangolo elettrici.

Dopo aver liberato lo squalo dai detriti, sia il subacqueo e il team di squalo fino a esplorare ulteriormente in cui le miniere elettriche sono provenienti da. Essi finiscono per nuotare attraverso cunicoli e corridoi di manutenzione ad alta tecnologia che alla fine porta ad una stanza gigante piena di mine elettriche, e al centro è un cervello madre triangolare. Il grande squalo bianco tenta di attaccare il cervello, ma il cervello madre colpisce ancora, fulminanti sia il subacqueo e lo squalo.

L'elettrocuzione è così grave che distrugge il guscio esterno del Diver e rivela che il Diver è in realtà un androide. Il subacqueo scopre anche che il grande squalo bianco è morto per folgorazione.

Avventurarsi oltre l'oceano rivela ulteriori portali che liberano più pesci e alla fine il Subacqueo si imbatte in un gigantesco porto segreto che conduce verso un portale di restauro che non solo nutre di nuovo la vita nell'oceano dopo essere stato attivato, ma ripristina anche il corpo del subacqueo e riporta una versione spiritica del grande squalo bianco.

Cavalcando il grande squalo bianco, il subacqueo e lo squalo continuano a ristabilire l'oceano mentre distrugge stazioni meccaniche ancorate che sono state costruite dal cervello triangolo madre. Alla fine, lo squalo ed il subacqueo trova la massiccia nave spaziale, affondata che ospita il cervello triangolo madre ed entrano in esso, far saltare in aria tutte le miniere di sicurezza e di saltare attraverso il cervello madre, distruggendola.

La vegetazione comincia a crescere intorno alla nave distrutta, indicando che la vita continuerà a prosperare, mentre il subacqueo trova una nuova casa in un oceano.

Il Subacqueo era originariamente uno degli esploratori sottomarini della nave spaziale triangolare, ma durante l'incidente il Subacqueo sembrava essere separato dal resto della nave. Gli esploratori di droni stavano tentando di aiutare a riportare il subacqueo sulla nave madre, ma il grande squalo bianco li distrusse, poiché la nave madre stava prosciugando la vita marina e tentando di catturare certi pesci con i portali.

Dal momento che il subacqueo perso la memoria e doveva andare in un viaggio per riscoprire le sue origini, le sue priorità cambiano dopo aver scoperto la bellezza del mare, e invece di lavorare con i droidi spazio Illuminati, il subacqueo inizia ad aiutare gratuitamente il pesce, il ripristino del la vita marina e, infine, squadra con lo squalo di distruggere il cervello madre.