La divisione ha un paio di fazioni principali diverse nel gioco che hanno contribuito alla destabilizzazione di New York City. Le tre principali fazioni criminali sono i Rikers, che sono prigionieri fuggiti da Rikers Island, The Cleaners, che sono assassini che vagano cercando di "ripulire" New York, e l'LMB, un gruppo di mercenari diventato un ladro.
I Rikers sono una delle principali fazioni malvagie che affronti verso la fine del gioco e GhostRobo fa la missione finale di Rikers, mostrando cosa succede con il boss principale del gruppo, Larae Barrett. È un video lungo 24 minuti che puoi vedere qui sotto.
Gli spoiler evidenti sono evidenti.
I giocatori devono affrontare The Rikers, un gruppo di criminali della prigione di Rikers Island.
Il Capitano Benitez vuole che i giocatori salvino alcuni dei suoi uomini prima di completare la missione. Ci sono tre ostaggi catturati dai Rikers sparsi per il Lexington Event Center.
I giocatori si sposteranno nel Lexington Event Center per eliminare i Rikers e salvare gli ostaggi sopravvissuti. I giocatori troveranno alcune registrazioni dell'eco lungo il percorso per vedere cosa è successo nell'edificio e come i Rikers hanno torturato e ucciso molti poliziotti e altre persone mentre si trovavano nell'edificio, tutti guidati dal leader dei Rikers, Larae Barrett.
Dopo essersi spostato attraverso il Lexinton Event Center per raggiungere la sala principale, il gruppo di giocatori alla fine elimina i Rikers e il loro leader, Laerae Barrett, dopo aver liberato gli ostaggi. Una volta terminata la missione, i giocatori potranno lasciare il Lexington Event Center sapendo che i Rikers sono stati sconfitti.
L'altro finale principale prevede che la dottoressa Jessica Kandel spieghi al personaggio del giocatore che c'è un vaccino in lavorazione per il virus che ha devastato New York e che non potranno sopravvivere di nuovo a un altro attacco virale come quello. Si aspetta che il giocatore affronti le forze che potrebbero rischiare di diffondere il virus... di nuovo. Puoi controllare il video della durata di un'ora da MKIceAndFire, che copre le principali missioni finali e i filmati finali.
I giocatori dovranno parlare con il comandante della JTF e riprendere il centro delle Nazioni Unite dai mercenari dell'LMB, ciò richiede di attraversare un'area di tunnel sotterraneo e di esplodere nel garage del centro di assemblaggio delle Nazioni Unite.
L'obiettivo principale diventa l'assalto alle Nazioni Unite e la neutralizzazione dell'LMB, noto anche come The Last Manhattan Battalion, un gruppo militare privato guidato da Charles Bliss.
Tuttavia, l'LMB finisce per essere tradito da Aaron Keener, un agente della divisione AWOL, che crede che l'LMB "sia finito" e decide di prendere l'immunologo russo e fuggire. Bliss ordina ai suoi uomini di eliminare Keener ed esce dal nascondiglio per incontrarsi con i suoi uomini nell'edificio dell'Assemblea generale delle Nazioni Unite.
I giocatori scoprono che Bliss è fuori dal nascondiglio e decidono di eliminarlo mentre stanno stanando le forze dell'LMB. Sfortunatamente, Bliss riesce a scappare in elicottero e ad allontanarsi dal tetto dell'edificio.
I personaggi giocanti alla fine arrivano all'assemblea generale e accedono a un laptop dove si scopre che l'LMB ha tenuto d'occhio "tutti". Dopo aver avuto accesso ai dati, Bliss ritorna al palazzo delle Nazioni Unite con il suo elicottero e gira intorno al cortile per spazzare via le forze della JTF.
I giocatori si impegnano in battaglia con Bliss un'ultima volta in uno scontro epico appena fuori dalle Nazioni Unite, costruendo mentre è un elicottero Blackhawk che lancia missili e spara ai giocatori dall'altra parte del cortile. I giocatori possono utilizzare le torrette intorno al cortile insieme alle loro armi standard per abbattere l'elicottero di Bliss.
Dopo aver distrutto l'elicottero, questo si schianta contro un edificio vicino, esplodendo in pezzi e uccidendo il comandante Charles Bliss.
Il Capitano Benitez si congratula con il gruppo di giocatori per aver sconfitto il leader della LMB e nota che le principali minacce a New York sono state sconfitte. Ciò porta quindi i giocatori ad avere la possibilità di partecipare ai contenuti di fine gioco, come la Zona Nera.
Aaron Kenner, però, riesce a scappare con il medico russo, e la JTF lo sta ancora cercando insieme al bioterrorista Gordon Amherst, anche lui riuscito a scappare.
Anche se sembra che sia arrivata la fine, si scopre che c'è un segnale sconosciuto trasmesso vicino alla Zona Nera. Quando i giocatori vanno a indagare sul segnale sconosciuto, viene rivelato che la persona che ha emesso il segnale non è altro che Aaron Kenner, La divisione Agente disertore. Keener in realtà non è presente di persona, però, ha lasciato un dispositivo eco che spiega le sue intenzioni. Spiega che essere nella Divisione era come stare al guinzaglio e che quando il virus del Black Friday si diffuse nella regione solo i detenuti, gli assassini e le PMC sarebbero stati in grado di sopravvivere e che lui era uno dei sopravvissuti.
Keener ha con sé l'immunologo insieme a un campione di DNA e un "libro di ricette" basato sulla ricerca biochimica di Amhert e prevede di scrivere le proprie regole. L'eco termina con Keener che dice che il personaggio del giocatore dovrebbe "entrare in questa cosa" prima di lasciare l'appartamento trasmettendo il segnale.
Dopo aver lasciato l'appartamento c'è un'altra breve nota video contenente gli appunti personali di Amherst sul virus che è stata rilevata dal laptop nell'appartamento. Nel video spiega come funzionano i virus e come i virus possono essere utilizzati per controllare la popolazione. Amherst crede che il virus deciderà chi vive, chi muore e chi merita di sopravvivere. Conclude il video dicendo che vedrà i giocatori all'inferno.
