Come il precedente Cinque notti da Freddy Nei giochi, i giocatori assumono il ruolo di una guardia che fa il turno di notte in un luogo gemello dell'originale Freddy Fazbear's Pizzeria. La location gemella presenta i nuovi animatronici Funtime per gli spettacoli del Funtime Auditorium.

Il giocatore deve sopravvivere cinque notti, proprio come negli altri giochi. Durante ogni notte la guardia deve affrontare alcuni problemi poiché alcuni animatronici iniziano a prendere vita, guidati da Ballora, una nuova ballerina animatronica.

La guardia notturna viene avvertita di Ballora da un altro animatronic che prende vita, Circus Baby. Gli spiega come è posseduta e che spesso cercano di "aggiustare" gli animatroni "raccogliendoli" nella stanza di raccolta. Ciò comporta l'estrazione del loro endoscheletro e il loro inserimento in una nuova unità. Tuttavia, Circus Baby spiega che anche dopo aver visitato la stanza dello scavo sono ancora rotti.

È stato rivelato che Funtime Freddy, Funtime Foxy e Ballora, insieme ad alcuni altri, hanno ucciso persone al Funtime Auditorium. Durante la quarta notte, quando due riparatori vengono a riparare Ballora, lei e Foxy finiscono per ucciderli e impiccarli sul palco dove si esibiscono solitamente.

La guardia notturna viene convinta da Circus Baby a tentare di "aggiustarla" nella stanza delle riparazioni. Dopo aver estratto il chip di Circus Baby, Baby convince la guardia notturna a dirigersi nella stanza dello scavo, ma viene ostacolato da Ballora che sta tentando di ucciderlo. La guardia non ha modo di difendersi dato che le luci sono tutte spente ma Baby convince Ballora che la guardia notturna è lì per aiutarli e per lasciarlo vivere.

La guardia viene quindi diretta nell'oscurità verso la sala di raccolta dove Circus baby rivela il suo grande piano: poiché i manager continuano a raccogliere gli animatronici dopo che le persone hanno incidenti o muoiono intorno a loro, i burattini animatronici hanno deciso che avrebbero dovuto scappare ma non potevano. non farlo con i vestiti. Circus Baby ha escogitato un piano per convincere la guardia notturna ad aiutarla e lei in cambio lo avrebbe aiutato a sopravvivere. Tuttavia, dopo che la guardia notturna è arrivata nella stanza di raccolta, Baby usa la paletta per sventrare la guardia notturna e prendere il controllo del suo corpo.

Il gioco termina mostrando la guardia notturna a casa, che si guarda allo specchio. Prima che il gioco finisca nei titoli di coda, gli occhi della guardia si illuminano per rivelare che è posseduto da Circus Baby.

In uno dei finali segreti, come registrato da RabidRetrospectGames, la guardia notturna può avventurarsi nella stanza privata attraverso il Funtime Auditorium invece di andare nella sala scooping durante la quinta notte. Se fatto con successo, la guardia finirà nella stanza privata dotata di monitor e pannelli di sicurezza per tenere lontani gli animatori.

Viene riprodotto un segmento separato che indica che la guardia notturna verrà licenziata il giorno successivo per essere entrata nella stanza privata, ma prima deve sopravvivere tutta la notte contro gli animatronici che vengono a prenderlo, specialmente quelli che ora si sentono traditi.

Alla fine del turno la guardia torna a casa e comincia a guardare la televisione. Tuttavia, dopo aver visto il suo programma, uno degli animatronici della sala di raccolta lo segue a casa e cammina davanti a lui mentre lo schermo diventa nero.

Alcune teorie sostengono che Ennard abbia preso il controllo della voce di Baby dopo che è stata nella stanza dello scavo e abbia tentato di attirare la guardia notturna nella stanza dello scavo per impossessarsi del suo corpo. Viene spiegato che gli occhi della guardia notturna riflettono gli occhi di Ennard alla fine quando si guarda allo specchio e non gli occhi di Baby.