Telltale Games ha concluso la seconda stagione di Batman: Il nemico dentro. Non importa come finirà la stagione, sarà un finale esplosivo, viscerale e sanguinoso sia per Batman che per il Joker. Un breve riepilogo degli eventi: per coloro che non hanno seguito il gioco durante tutta la stagione, è possibile trovare un breve riepilogo dei finali spiegati Batman: Il nemico dentro proprio qui.

La stagione inizia con l'Enigmista che terrorizza alcuni individui all'interno della criminalità clandestina di Gotham. Batman viene coinvolto e riesce a sottomettere l'Enigmista dopo che l'Enigmista ha ucciso Lucius Fox. L'Enigmista viene ucciso subito dopo che Batman gli ha impedito di lanciare razzi mirati su Gotham. Sebbene ci sia un mistero su chi abbia ucciso l'Enigmista, in seguito viene rivelato che la figlia di Lucius, Tiffany, ha usato uno dei suoi droni munito di un dardo avvelenato per uccidere l'Enigmista al fine di vendicarsi di lui per aver ucciso suo padre.

Per inciso, a seconda di come Bruce tratta Tiffany, determina se finirà per unirsi ad Amanda Waller come agente o se si unirà a Batman come aiutante.

Per tutta la stagione Batman deve destreggiarsi tra l'essere il Cavaliere Oscuro e l'essere Bruce Wayne, quest'ultimo è costretto da Amanda Waller dell'Agenzia ad andare sotto copertura come criminale in un gruppo noto come The Pact, composto da Harley Quinn, Mr. Congelamento e rovina. Waller sfrutta l'identità di Batman/Bruce Wayne per convincerlo a lavorare in qualche modo per lei.

Il Patto aumenta il suo terrore su Gotham dopo che l'Enigmista viene ucciso perché si scopre che Harley Quinn sta cercando di mettere le mani su un siero per un virus che può essere utilizzato per evitare di soccombere a una malattia mentale come suo padre. Solo l'Enigmista aveva accesso al siero, ma con la sua morte Harley è sfortunata.

Bruce rimane sotto copertura con The Pact per interrompere i loro piani dall'interno. Lavora con un altro membro di The Pact, John Doe, che aveva incontrato originariamente ad Arkham Asylum durante la prima stagione.

John è mentalmente instabile ma prende in simpatia Bruce dopo che i due si sono aiutati a vicenda durante una rivolta quando erano all'Arkham Asylum. Il modo in cui Batman/Bruce sarà gentile e avrà fiducia in John determinerà il suo sviluppo.

Mentre Bruce e John fanno parte del Patto, che include Harley, Bane e Mr. Freeze, John si innamora di Harley e fa tutto il possibile per accontentarla. Lotta per aiutare Bruce mentre svolge anche i compiti affidatigli da Harley.

Alla fine le cose iniziano a crollare e il Patto implode mentre Amanda Waller li reprime usando l'Agenzia. Le cose culminano tra Harley e l'Agenzia quando hanno una situazione di stallo sul ponte dove Harley minaccia di usare un virus mortale su tutti sul ponte.

Si svolge un momento cruciale poiché sia ​​John che Bruce vogliono raggiungere Harley, ma una manciata di agenti di Waller finiscono morti e John chiede a Bruce se crede di non aver ucciso gli agenti a sangue freddo. Se Bruce si fida di John, i due si alleano per fermare Harley sul ponte, ma Waller tradisce John e John finisce per saltare giù dal ponte per evitare di essere ucciso. Se Bruce sceglie di non fidarsi di John, allora John va fuori di testa e accusa Bruce/Batman di tradire la sua fiducia e di usarlo solo come mezzo per fermare il Patto. John andrà al ponte, ma invece di fermare Harley i due lavorano insieme per far saltare in aria il ponte e abbracciarsi in un bacio prima di saltare giù dal ponte.

Il finale si svolge in due modi drasticamente diversi a seconda di come si è sviluppata la relazione tra Bruce e John nel corso della stagione. Se Bruce e John si alleano come vigilantes, John cambia il suo nome in The Joker. Waller finisce per prendere di mira entrambi, temendo che John sia ancora una minaccia, il che si traduce in Batman e Joker che lavorano insieme per sconfiggere l'improvvisata Suicide Squad di Waller composta da Bane, Harley e Catwoman.

Batman viene gravemente ferito nell'incontro quando Joker va fuori di testa usando esplosivi nel tentativo di uccidere Waller, provocando il crollo del tetto mentre Batman tenta di impedire alle bombe di esplodere.

Catwoman finisce per aiutare Batman, che è vicino alla morte dopo essere stato trafitto dalla caduta. Joker cattura Waller durante il caos sul tetto e cerca di costringerla a confessare la morte dell'Enigmista, a sua insaputa che Tiffany ha effettivamente ucciso l'Enigmista. Un Batman gravemente ferito affronta il Joker nello stabilimento della Ace Chemicals, dove Batman riesce a salvare Waller e Tiffany durante uno scontro con il Joker. Diversi agenti tentano di sottomettere il Joker ma lui li massacra con i coltelli. Durante il combattimento, Joker utilizza molte delle tattiche e delle tecniche che ha imparato da Batman durante il loro allenamento insieme, con il risultato che Batman subisce ancora più danni mentre i due hanno uno scontro finale, sanguinoso, che coinvolge coltelli e batarang.

Nel percorso del cattivo, Joker e Harley si alleano per terrorizzare Gotham. Harley vuole ancora un siero e decide di utilizzare il virus come un modo per riscattare la sicurezza di Gotham in cambio del siero. Vuole anche Batman morto. Joker sa che non esiste il siero e che Bruce Wayne è in realtà Batman, ma sceglie di tenerle nascoste queste informazioni per starle vicino. I due vanno in giro a uccidere: Harley con l'intento di ottenere il siero, e Joker lo fa come un modo per vendicarsi di Bruce per aver tradito la loro amicizia.

Joker elabora un piano elaborato per torturare Bruce per il suo tradimento, catturando Jim Gordon e costringendolo ad attirare Batman in una trappola. In cambio, Joker dà a Gordon una mappa di Gotham dove si trovano tutte le bombe contenenti il ​​virus. Tuttavia, Joker spara alle ginocchia di Gordon in modo che non possa fermare le bombe troppo velocemente. Joker spoglia Bruce della sua armatura di Batman e poi fa attraversare a Bruce una casa dei divertimenti dove sono stati catturati Selina, Tiffany e Alfred. Joker li costringe a giocare a un gioco incentrato sulla fiducia in modo da poter punire Bruce per averlo tradito.

Bruce e Selina riescono a reagire contro Harley e Joker. Bruce e Joker combattono per tutta la casa dei divertimenti e Joker riesce a pugnalare Bruce più volte prima di essere messo KO. Bruce tenta di rianimare Joker dopo aver pensato di averlo ucciso, solo che Joker si sveglia e pugnala Bruce al fianco. I due giacciono a terra, dove Bruce dice a Joker che gli ha spezzato il cuore trasformando la loro amicizia in qualcosa di brutto, ma Joker rivela che poiché non potevano essere amici sarebbero stati bellissimi nemici.

Nel finale con il cattivo, Joker viene visto ad Arkham Asylum mentre gioca con una bambola fatta da Bruce, mettendoci sopra il rossetto e parlando da solo. Nel finale Vigilante Joker viene visto ad Arkham Asylum, ma riceve una visita inaspettata da Bruce Wayne, che gli fa sorridere.

In entrambi i finali, Alfred decide che ne ha abbastanza di Batman e decide di andarsene. Bruce ha la possibilità di rinunciare ad Alfred in modo che possa continuare a combattere il crimine nei panni di Batman, o di rinunciare a essere Batman in modo che Alfred rimanga.